Al obtener su independencia en el año 1956, la nación de Sudán aclamaba símbolos patrios para identificarse, pero el gobierno de Sudán no creía que esto fuera a ayudar en algo a su pueblo. Luego, Sudán del Sur comenzó a sentirse despreciada por parte de los norteños, lo que ocasionó el inicio de una guerra civil por su independencia, la cual duraría mucho tiempo.
Años después, en el 2005, firman un acuerdo de paz, y no fue sino hasta el año 2011 que se firma un referéndum para dar a Sudán del Sur su necesaria independencia, el 9 de julio del mencionado año.
El diseño que adoptaron para su bandera fue creado en el año 1990 mientras que Sudán del Sur peleaba de forma incansable con el norte, esta está inspirada en la bandera utilizada por el Movimiento de Liberación del pueblo Sudanés. Aunque la bandera del Sur es antigua a la bandera de Sudán, sus colores son similares, al igual que los colores de la bandera de Kenia.
La bandera de Sudán del Sur tiene un diseño a todo color y cada uno de ellos conlleva un significado representativo para el país.
La bandera de Sudán del Sur se conforma por un triángulo azul ubicado del lado del asta, una estrella amarilla de cinco puntas que está en el medio del triángulo, seguido de tres franjas horizontales, la primera a color negro, la segunda en rojo y la tercera en verde, separadas por pequeñas bandas en color blanco.
Cuenta con seis colores que reflejan diferentes aspectos históricos del país, estos son: negro, rojo, verde, blanco, azul y amarillo. El negro representa a toda la población de Sudán del Sur, el rojo, la sangre derramada en la lucha por su independencia, el verde tiene diversos significados entres los cuales destacan la tierra fértil del país, la agricultura y sus recursos naturales en general, además del progreso de la nación. El color blanco es un símbolo que busca fomentar la paz luego de tantos disturbios enfrentados, el azul hace referencia al río Nilo, al cual se le considera una fuente de vida y el amarillo es esperanza, determinación y unión.
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